Gracias al interés en la educación de la niñez irapuatense de uno de los más distinguidos benefactores de Irapuato, originario y vecino local, el bachiller Ramón Barreto de Tábora, fue posible la construcción del convento franciscano, donde se dio primordial importancia a la educación de los niños de todas las castas e incluyendo a los hijos de españoles.
Para tal efecto, según su testamento de 1760, donó terreno y dinero para la fábrica de una escuela de primeras letras. El resultado fue la colocación de la primera piedra del edificio en 1766, y la terminación posterior del convento y su templo anexo de San Francisco, el actual templo que recibe por eso su nombre.
El Convento, en consonancia con todas las recomendaciones aplicadas a la construcción de los conventos de los primeros evangelizadores de la Nueva España, durante el siglo XVI, contaba con un amplio atrio que lo circundaba y seguramente estaba protegido por un gran muro perimetral, abierto y porticado al poniente, al norte y al sur, como sus hermanos conventos anteriores. En el centro debió tener el elemento característico de estos conventos: la cruz pasional, representando a Cristo; cruz que seguramente, cuando el Convento fue expropiado, y mutilado su atrio por el Gobierno Federal debido a las Leyes de Reforma, fue cambiada al Templo de la Salud, donde permaneció hasta el año 1964 fecha en que las obras de restauración del Templo del Hospitalito exigieron su traslado al costado oriente de. este templo. Años más tarde, finalmente, debido a las obras de construcción de la Plaza de los Fundadores -en 1985-86- se la trasladó y colocó en un sitio más propio para su condición: el centro de un atrio, el del Templo del Hospitalito, lugar que ocupa actualmente.
El Convento fue muy importante para Irapuato: representó el mayor volumen arquitectónico jamás realizado en la ciudad. Sus innumerables espacios incluían pórtico de entrada, escuela para niños, primer gran claustro, segundo patio o claustro, sala de profundis, refectorio, cocina, servicios generales, despensa y panadería. En la planta estarían las celdas, la biblioteca y los servicios sanitarios.
Según sus modelos anteriores en su cara norte se levantó el Templo, para proteger del sol con su sombra en esa orientación al gran espacio habitado por los frailes.
El Convento en esas condiciones existió hasta 1857, cuando las Leyes de Reforma expulsaron a los franciscanos del Convento. Este fue fraccionado, dividido por el trazo de la actual avenida Álvaro Obregón, y vendidas la mayoría de sus partes. Siguió existiendo la parte restante del inmueble y funcionando para diversos usos hasta que, en el año de 1955, fue desgraciadamente demolido para construir en su lugar el edificio actual al sur del Templo del Convento.
El interior del templo es majestuoso no obstante su notoria pérdida de elementos que le fueron dados inicialmente, como sus retablos, que debieron ser dorados como los barrocos del siglo XVIII y que fueron destruidos en el siglo pasado para dar paso a los actuales, neoclásicos unos y muy híbridos otros, que le restan calidad y sentido a su espacio interior.
Su planta es de cruz latina, cuya amplitud la hace ser el mayor espacio religioso que de esa época conservamos. Su gran bóveda remata en el crucero por cuatro arcos formeros que soportan la gran cúpula, misma que se apoya en las cuatro pechinas que nacen de las esquinas y provocan la circularidad de la planta de la cúpula, sistema éste que, nacido en la arquitectura bizantina, se adhiere en el tiempo a nuestra arquitectura y se integra a la misma.
Su fachada, monumental, expresa, como la iglesia de la Tercera Orden, la armonía y el orden de sus formas pero también su sencillez; en lo lineal de sus elementos, lo modesto en nichos, columnas y esculturas, sobresaliendo en su remate el escudo franciscano compuesto por las cinco llagas sangrantes de Nuestro Señor. Al igual que otras construcciones eclesiales locales, San Francisco se realizó con una sola torre que permaneció incompleta hasta los años sesenta cuando al igual que al templo de la venerable Orden Tercera, se le construyeron los últimos cuerpos y se le dio terminación.